Schola Cantorum bildades i Storkyrkan i Stockholm 1934 av den i körsammanhang kände tonsättaren och dåvarande domkyrkoorganisten David Wikander tillsammans med kantorn i Storkyrkan Sven Lizell och komminister Gabriel Grevberg. Tanken bakom Storkyrkans sångskola var, att i linje med de första Schola Cantorum i Rom under de allra första århundradena e.Kr., skola en kör som kunde medverka med gregoriansk sång vid kyrkans gudstjänster. 1934, d v s samma år som Schola Cantorum i Stockholm bildades, startade också den betydligt mer kända Schola Cantorum i Basel.

Verksamheten kom ganska snart att omfatta även andra musikaliska områden och Schola Cantorum kom tidigt, att också förmedla undervisning i blockflöjt, senare också andra instrument. Under en period var Schola Cantorum därtill en skola för förberedelse till Storkyrkans kör men framförde också kyrkospel och mer profana sångspel.

Fram till 1969 hörde Schola Cantorum till Storkyrkan. Sedan dess är Schola Cantorum en fristående förening men med liknande inriktning som tidigare.

Föreningen Schola Cantorum av idag har sex grupper. Schola Cantorums kör är den största och äldsta gruppen sprungen ur den ursprungliga körverksamheten. Övriga grupper är en ytterligare vokal grupp samt fyra instrumentala grupper.